在国际知名生物学数据库如NCBI GEO面临停用的背景下，科研人员面临测序数据上传及获取Accession Number用于投稿的迫切需求。事实上，上传国产数据库也是大势所趋，国家基因组科学数据中心开发的组学原始数据归档库（GSA） 作为主流平台，具备国际期刊认可的权威性，可有效满足数据归档需求。

GSA（Genome Sequence Archive 组学原始数据归档库）：为我国首个国际认可的组学数据发布平台，等效于国际SRA数据库。适用范围覆盖动植物、微生物等非人类组学原始数据，人类遗传资源数据可上传至专属子库GSA-Human（需提前完成科技部备案）。GSA已获得多个国际期刊的认可，并已被国际著名出版商Springer Nature和Elsevier收录为指定基因数据归档库。

上传至组学原始数据归档库GSA

01. GSA官网：https://ngdc.cncb.ac.cn/gsa/

02. 注册/登录GSA账号（或CNCB账号）

填写注册信息

注意：邮箱需要通过该邮箱接收用户激活链接，请确保该邮箱属于您自己或有密码能够登录，否则注册的账号无法激活和使用！请合理配置垃圾邮件判断策略，检查是否被转移到垃圾邮箱；如无法收到激活链接，请联系您单位的邮箱服务器管理员把"@big.ac.cn"添加进邮箱白名单后，再次激活。

新注册账号验证

官方会发一封验证邮件至账号注册表填写的邮箱中，点击邮件中链接进行验证（建议注册完立即认证，链接有效期24h），账号注册完成（账号、密码记得保存好，邮箱一定要记得，后续可用来找回密码）

重回GSA官网点击登录

进入账号页面，确认登陆，点击“提交数据到GSA”

03. 新建GSA数据文件夹

为保证元数据信息与测序数据文件的一致性与完整性，便于后续数据使用者检索与使用，在开始创建GSA数据集前，用户需要为 GSA 数据集的研究任务创建 BioProject，并为数据集的实验样本创建相应的 BioSample(s) 。

提交者信息填写

系统会帮您自动填入用户注册时的姓名和电子邮件信息，如部分信息需要调整，如名字和邮箱不用和注册时保持一致，可直接修改并通过“保存并进入下一项（Save and forward）“键完成修改。

注意：若注册GSA邮箱与提交者信息邮箱不一致，当数据信息审核与文件归档过程中出现任何问题，信息将反馈到您的注册邮箱，而非此处填入的提交者信息邮箱。

GSA基本信息填写

用于收集 GSA 数据集的描述信息，包括发布日期（Release date）、标题和描述信息（Description）、项目信息（BioProject accession）、样本信息（Sample Information）

04. 点击上一步中的“BioProject”链接创建BioProject；若有已建好的，填入项目编号，并往下从“填写本次提交数据基本信息”开始参考

填写BioProject基本信息

选择BioProject项目数据类型

填写项目数据出版信息【非必需】

BioProject 提交

【提交】检查无误后进入下一步提交即可；

【修改】检查有误，需要更改，直接点击上面对应模板进行修改即可

05. 提交后会自动回到GSA数据集页面，填写本次提交数据基本信息，对应前面的“GSA基本信息填写”步骤

样本信息

06. 样本属性

1)  下载模板文件，如下图中的 “Plant.cn.xlsx (中文版) ”，“e.g. Plant.cn.xlsx” 则为示例文档。

2)  编辑模板文件并检查无误后，通过文件选择框进行文件上传。

3) 上传完成后，通过点击“校验”键，进行批量表格在线审核。

4) 若文件审核不通过，请点击“删除”键，删除已上传的文件并按系统提示信息修改后，再重新上传批量表格文件，直至审核通过:当文件审核通过，请点击“保存并进入下一项”键，完成 BioSample 批量提交。

07. 填写元数据信息Metadata（按照1，2，3，4，5步骤操作）

08. 上传原始数据了，数据文件上传方式选择为 FTP 客户端（推荐使用）和Aspera 命令行上传；

1.Aspera 命令行上传

您可以通过 Aspera 命令行，使用以下的命令来上传文件：

[path/to/ascp/] -P33001 -i [path/to/key/file] -QT -l100m -k1 -d [path/to/folder/containing/files] aspsub@submit.big.ac.cn:uploads/ [user dir]

[path/to/ascp/]:  指 ascp 的执行程序， 一般安装了 aspera connect plugin 的操作系统，都有这个执行程序。不同的操作系统， ascp 存在于不同的位置。

Microsoft Windows: C:\Program Files\Aspera\Aspera Connect\bin\ascp.exe

Mac OS X: /Applications/Aspera/Connect.app/Contents/Resources/ascp

Linux: /opt/aspera/bin/ascp or /home/[username]/aspera/connect/bin/ascp

2. 推荐使用！！FTP客户端上传

在云序生物测序报告中，云序生物为您提供了FTP压缩包，按照操作系统选择相应版本直接点击安装即可。如果用户使用的电脑操作系统为 macOS 或 Linux，可以前往 FileZilla 官网的下载页面（https://filezilla-project.org/download.php?type=client）下载与用户操作系统对应的客户端版本。

打开软件，界面如下图所示，填写主机信息为“submit.big.ac.cn” ，用户名和密码填写 GSA 数据库的登陆帐号邮箱和密码，然后点击“快速连接” ，状态栏显示登陆成功，如果提示错误，请根据提示信息查看错误原因；

登陆成功后，“本地站点”选择需要上传数据的本地数据路径，“远程站点” 中，双击 GSA 文件夹，进入 GSA 目录

在“本地站点” 中选择上传的数据文件或者文件夹，点击右键，选择“上传”，或者直接拖拽到“远程站点”

可能遇到的问题

问题 1：FTP 登陆时，出现如图5 所示，状态栏出现 431 Service；AUTH SSL 的报错信息。

解决方案：如下图所示点击菜单栏“文件” 中的“站点管理器” ，修改“加密”选项为“只使用普通 FTP”或者“” ，同时，填写正确的主机地址：submit.big.a.cn ，帐号和密码信息。最后点击“连接” 即可。

问题 2：FTP 登陆时，状态栏出现 MLSD 的报错，显示“读取目录列表失败”。

解决方案：Filezila –>编辑->设置中修改传输模式，改为被动模式

核对+提交本次项目数据

进入“概览&提交”页面后，对 GSA 数据及其相关信息进行整体预览：在正式提交之前，用户可通过点击进度条上的按钮，进入相应页面修改信息。请务必检查无误后再点击“提交（Submit）”完成递交。

官方数据审核后，会发邮件到GSA账号邮箱中，通知审核结果。审核通过后收到的数据编号可以提供给期刊；审核不通过，根据邮件中提出原因对应进行修改后，重新提交，然后等官方下一轮邮件审核通知即可。

Tips：系统中 GSA 的提交状态共有 10 种，具体情况详见下表：

修改^[1]:  用户可通过点击“Submission ID”进入样本总览界面修改 GSA 元数据信息